大墩子遗址位于江苏和山东交界的江苏邳州一侧，坐落在漫坡状的土墩之上。1962年，南京博物院在邳海地区开展考古调查时发现，1963、1966和1976年，南京博物院先后三次发掘大墩子遗址，收获颇丰。大墩子遗址发掘的学术意义有三：一是发现了丰富的史前墓葬和居址资料，其中仅第一、二次就发现大汶口墓葬342座；二是发现了大汶口文化早中期叠加的层次关系，把以刘林墓地为代表的大汶口文化早期遗存和以大汶口、花厅子墓地等为代表的大汶口文化中期遗存的年代关系理顺并连接起来；三是发现了早于大汶口文化的遗存（即今日之北辛文化），并揭露出两者之间的确凿层位关系，为探索大汶口文化的来源提供了重要的资料和线索。
三 次 发 掘
大墩子遗址从被发现至今，先后经历过三次正规发掘。1963年11月12日到12月21日，南京博物院在大墩子遗址发掘了36天。发掘地点主要在遗址中部，开了5条探沟，每条探沟南北宽2米，东西除了一个探沟长9米外，其余为10米，加上清理上层墓葬时的扩方，发掘总面积计128平方米。这次发掘共出土石器56件，角、骨、牙器168件，陶器197件，发现墓葬44座，随葬品206件。
1966年3月17日到5月5日，南京博物院结合厦门大学历史系考古组毕业班学生实习，又对大墩子遗址进行了第二次发掘。这次发掘共开12个探方，位置仍集中在中部，总面积540平方米，发现墓葬300座，出土3025件文物。
1976年，南京博物院配合南大历史系考古班办学，再次来到大墩子遗址发掘。这次发掘五个探方计250平方米，发现墓葬211座，平均1.24平方米就有一座。出土器物1500多件，较重要的有玉雕猪头和兽头，禽身陶塑象等数件。
大墩子文化层距地表特别浅，基本上去掉表层20多厘米，就能露出新石器时代的文化堆积层，邳州大墩子遗址文化堆积层较厚，平均在2米到5米左右，且保存相对较好。
探掘报告中，邳州大墩子遗址的文化堆积层自下而上可以分为早、中、晚三个阶段，经碳14测定距今约4500-6000年之间。邳州大墩子遗址最底层的最早阶段文化堆积层为早于大汶口文化的北辛文化，中间阶段地层为大汶口文化早期，最晚阶段的上层为大汶口文化中晚期。
大墩子遗址的发掘成果，为研究大汶口文化各时期特点以及其相互关系等问题提供了一批重要资料。
独 特 工 艺
大墩子遗址古文化堆积层达5米，分上中下三层。下层为青莲冈期。出土文物以夹沙红陶和泥质红陶为主，有少量单色彩陶，全是手工制品，器型简单，钵为平底。还有石斧、石匕首、骨针、鱼形标、鹿角镰、石镐、骨镞等。出土大量牛、羊、猪、狗、鹿、雉的遗骸，狗的遗骸最多，并用整狗作殉葬品。这说明早期母系氏族时期，农业、渔猎生产已见端倪。另有两种艺术品特别引人注目，一是出土一只伏窝生蛋的陶鸡模型，鸡的形状与现代鸡形相差不远；二是出土三件陶房模型，陶房有圆有方，正面有门，两侧有窗，戗脊出檐，与山西赵村出土的半穴式凸字形房屋相比有明显进步，又别于东夷高脚楼不砌墙的风格。更奇特的是屋顶四面坡壁用浅线刻出狗的形体，这是黄帝族文化罕见的。
中层为刘林期。这一层葬墓中出土的陶器仍以夹沙红陶为主，其次为泥质黑陶和泥质红陶，有少量彩陶，陶器造型比下层的均匀，手工制坯后用慢轮修整。表现为向龙山文化发展的一个过渡，对研究苏北和鲁南古文化关系有重要作用。
上层为花厅期(新沂市花厅古文化遗址)。这一层彩陶居多，其中带角状把手三足小口罐，从中层过渡而来，与花厅出土的实足规相同。这层出土的彩陶可分两类：其一施白底绘红黑二彩，或施红底绘黑白二彩，皆三色组成，图案美观，器形和彩绘风格与中原庙底沟类型的仰韶彩陶极为相似，甚至完全相同。另一类施红底，绘黑色直线和曲线，表现出浓厚的地方色彩，并有东夷族网纹图案，具有夷族文化风格烙印。
首 现 彩 陶
10件彩陶是大墩子遗址第一次发掘时最重要的收获，这也是江苏地区第一次发现新石器时代彩陶制品。这10件彩陶器，有8件出土于大汶口文化早期文化层内，两件出土于大汶口文化中晚期地层内。
大汶口文化早期地层内的8件彩陶器中，有两件陶钵、两件陶盆，无论在器物造型、着彩部位或彩绘风格上，与中原仰韶文化的彩陶器极为相像，这个现象，说明二者间有着相当密切的关系。不过，大墩子遗址出土的一件绘八角星花纹图案的陶盆，其彩绘风格又是中原仰韶文化彩陶文物中所没有出现过的。早期地层的另外4种彩陶器，多是在红衣上加绘以线条纹为主的黑彩，其器形如罐形鼎、三足高柄杯等，都是大汶口文化具有代表性的遗物，而与仰韶文化彩陶很少相同之处。
考古专家们分析，大墩子遗址大汶口文化早期地层内的彩陶器，有的具有强烈的仰韶文化特点，有的又具有浓厚的地方色彩。这类彩陶遗存，一方面继承和发展了大汶口文化的彩绘技术，同时又在西方仰韶文化的强烈影响下，产生了一种具有仰韶风格的彩陶器。根据彩陶器以及其他一些器形的比较研究，考古专家判断，大汶口文化早期约略晚于中原的仰韶文化，而大汶口文化之前的北辛文化约与中原仰韶文化同时。
这些沉寂数千年的实物资料，见证了大墩子远古先民各时期社会性质和发展，同时也是研究长江流域和黄河流域之间文化关系重要依据，是沿海地区和中原文化之间相互关系的例证。
男 耕 女 织
古代生存于大墩子遗址上的人们，大致是以农业生产为主。厚达5米以上的文化堆积层，必须经过长时期的定居才能形成。此外，遗址中还发现各种各样的农业生产工具，如大量翻土用的石铲，收割用的獐牙勾形器、石刀、古镰，碾磨谷物的石磨棒。猪、狗可能是当时豢养的家畜。此外，古鱼镖、镞、网坠等工具和鹿、獐、牛、鱼、龟、蚌等残骸的发现，说明当时渔猎生活仍占有一定的地位。有意思的是，当时主要生产工具多发现于男性墓内，纺轮多发现于女性墓内，这说明在当时的生产活动上，男女已有了比较明确的分工，过着男耕女织的生活。
在大墩子遗址大汶口文化早、中、晚的墓葬中，都存在着随葬品多寡不均的现象。多的达五、六十件，有的还用狗殉葬，少的只有一两件，有的甚至一无所有。这些都似乎表明了当时已开始出现了贫富分化和私有制。
