肾囊肿不是肾瘤，但极易与肿瘤相混淆，鉴别方法可用肾实质性断层造影或肾动脉造影检查，怀疑囊肿恶变时，可进行囊肿穿刺，抽出囊液进行检查。
穿刺液可作细胞学检查并行囊肿造影。囊肿液常为清澈、无肿瘤细胞、低脂肪，造影时囊壁光滑可肯定为良性病变。如穿刺液为血性应想到肿瘤，可能在抽出液中找到肿瘤细胞，造影时囊壁不光滑即可诊断为恶性肿瘤。肾血管平滑肌脂肪瘤为肾内实性肿瘤，其超声表现为脂肪组织的强回声，容易和肾癌相鉴别。在超声检查发现肾癌时，亦应注意肿瘤是否穿透包膜、肾周脂肪组织，有无肿大淋巴结，肾静脉、下腔静脉内有无癌栓，肝脏有无转移等。
肾癌来自肾小管上皮，大多是单个的，少数有多个的。肿瘤可侵入肾实质，也可浸润肾包膜并穿入肾周围脂肪。其切面大多呈淡黄色或橘黄色，生长速度较快的区域呈白色，有出血的区域呈暗红色，含脂质较多的部分呈金黄色并发亮。较大的肿瘤常可见到有坏死区，坏死组织液化后质地呈囊状。有时肿瘤中有血肿。少数肿瘤可见到有不规则散在的钙化区。钙化的是否存在与肿瘤的恶性程度无关。
