1、参加的险种不同：灵活就业人员：社保只参加养老保险和医疗保险，部分地区可参加失业保险。
在职职工：在职职工参加的社保包括养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险，就是我们常说的“五险”。
2、缴费基数不同
3、缴费比例不同
4、缴费主体不同：灵活就业人员：个人需要承担全额的社保费用。在职职工：用人单位承担大部分，职工承担小部分。由单位代扣代缴社保费用。
5、户籍限制不同：灵活就业人员：个人缴纳社保必须拥有当地户籍，城镇职工没限制、6.缴费意愿不同
城镇职工和灵活就业社保区别
区别是:
1、购买主体不同。
城镇职工社保允许所有本外地人员购买，但是必须是以单位代缴的形式购买，由单位和个人按一定的缴费承担比例缴纳。而灵活就业社保必须是本地户籍人员才有资格购买，而且全额由个人支付。
2、缴费基数不同。
缴费基数是社保中很关键的一个名词，主要的参照条件是省或市上一年度的人均工资，再根据规定按一定的比例进行购买，譬如规定城镇职工养老险的最低缴费档次是省均工资的60%，最高为300%。
而城镇职工和灵活就业社保的缴费基数不同，企业职工的保险单位一般会承担单位部分的金额，而灵活就业很少有雇主给缴纳保险的单位部分。
3、退休时间不同。
男的都是60岁，女的灵活就业一律55岁，企业职工城镇户口50就可退休，当然还有一些特殊工种类的提前退休的情况。
城镇职工和灵活就业社保区别
1、所缴纳的险种不同：城镇职工社保包含养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、失业保险五个险种，单位职工所缴纳的社保就包含五险，而灵活就业人员自己缴纳社保，通常只能缴纳养老保险和医疗保险两个险种。
2、缴费强制性不同：对于企业职工来说，社保是强制缴纳的，单位和单位职工必须依法缴纳社保，而对于灵活就业人员来说，社保是自愿缴纳的，参保人员可以根据自身情况决定是否要缴纳社保。
3、缴费基数不同：企业职工社保缴费基数是根据参保职工本人的月均工资确定的(不能超过当地的上下限)，参保职工不能自由选择，而灵活就业人员的缴费基数可以自己选择，比如养老保险是在当地上年度社会平均工资的60%-300%的范围内自由选择。
4、缴费比例不同：企业职工养老保险缴费比例分为单位缴费比例和个人缴费比例两个部分，目前单位缴费比例为16%，个人缴费比例为8%，企业职工医疗保险单位缴费比例为8%左右，个人缴费比例为2%左右而灵活就业人员的养老保险缴费比例为20%左右，医疗保险比例可能有4%左右和8%左右两种选择，如果医疗保险缴费比例选择4%，那么通常就没有医疗保险个人账户，如果选择按8%的比例缴纳医疗保险，那么通常会有医保个人账户。
