两者的区别就是功能和用途不一样。
签注是通关文书，通行证是身份证明文件，签注依附在通行证上。
先要办理通行证，之后才能办理签注，签注是依托在通行证上的通关文书，类似于护照的签证，现有护照才能办理签证，通行证是个人身份证明文件。
签注和通行证有什么区别
港澳通行证，是由公安机关出入境管理部门签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件签注是过境香港、澳门、台湾等地区，公安机关对内地居民表示批准往来所签发的，附于通行证上。
签注和通行证有什么区别
通行证与签注的区别：
1、通行证是出入境部门签发的旅行证件，签注一般是附注在通行证上。
2、通行证的有效期一般为五年，而签注有3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效期限。
3、通行证与签证的其他区别。
当事人在通行证有效期内可根据需要办理相应签注。
法律依据
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第二十二条
前往港澳通行证在有效期内一次使用有效。往来港澳通行证有效期五年，可以延期二次，每次不超过五年，证件由持证人保存、使用，每次前往香港、澳门均须按照本办法第六条、第八条、第十条的规定办理申请手续，经批准的作一次往返签注。经公安部特别授权的公安机关可以作多次往返签注。
