桃树细菌性穿孔病发生后，一般很难彻底的进行治愈，在防治管理方法上，重在前期预防，桃树染病后，要在发病初期时尽早尽快的进行防治，力争把病害消灭在早期。
1、合理建园
在桃树建园时，一方面要选择抗病性较强的品种栽种（如太久保、中山金桃、仓方早生临城桃等），不要使用中华寿桃、肥城桃、水上海水蜜、白桃等发病性强的品种栽种，以此来从品种源头上降低发病率；另一方面要避免与易染病的樱桃、李树、杏树、梅树等核果类果树进行混栽，以防病害交互感染而加重病害；再一方面，在桃树建园时，应当选择地势较高、排水性较好、土壤肥沃疏松的轻沙性土壤种植，避免在地势低洼积水、地下水位较高、土层贫瘠、土壤酸化板结黏性重的地块种植，并采用起垄稀植的栽种方式，可以有效减少细菌性穿孔病的发生。
2、科学水肥管理
在施肥管理上，施肥种类应当坚持以有机肥为主、化肥为辅，尽量多施腐熟有机肥、农家粪肥以及生物菌肥，要严格控制氮肥用量，避免过施或偏施，以防桃树枝叶发生徒长而造成树冠稍叶郁闭密不透风，并适量增施磷钾肥，来促进桃树根系发达、苗株健壮、树势强旺，以此来提高桃树自身的抗病害能力。另外，在桃园内科学生草和种植绿肥，有利于提高土壤中的有机质含量，对于疏松改良土壤、培育健壮树势有较好的效果，但一定要掌握好相应的管理方法。
在浇水管理上，要注意根据天气降水情况、土壤干旱情况以及桃树不同生育期的需水情况进行灵活浇水，保持园地土壤适度湿润，浇水时要注意适量，严禁经常漫灌式浇大水，持续阴雨天气和雨后不可浇水，尤其在春季回暖后、雨季来临前，要注意提前在园内清沟挖渠，在雨后立即进行排湿防涝，力争做到雨停水干或雨后2小时内地面无明水，以此来降低园内空气湿度和田间土壤湿度，避免因湿度过大而爆发病害。此外，对于保护地种植的桃树，还应当在浇水后及时进行通风排湿，以防果树枝叶凝水结露。
3、加强果园与果树管理
结合夏剪和冬剪，一方面要及时清除果树上的病叶、病果、病枝以及园内的枯枝、落叶、残体等，并移除园外进行集中焚烧深埋，以此来控制病菌源头、预防病害在园内传染蔓延；一方面要结合桃树生长情况进行合理修剪，及时剪除或疏除影响采光透风的密生枝、无效枝、病弱枝、徒长枝等，同时要适当加大内膛枝的疏除量，以此来提高和改善果树的通风透光环境，从而使桃树保持健壮的树势、不断提高自身的抗病抗逆性；在一方面要加强果园病害的防治，尤其要做好红蜘蛛、蚜虫、叶螨、卷叶蛾、红颈天牛、介壳虫等虫害的防治。
4、科学合理用药，提高药物防治效果
①在桃树发芽前10-15天时，可以使用4-5美度的石硫合剂或30倍的45％晶体石硫合剂或60-100倍的溃腐灵+有机硅助剂，全园彻底喷施1次，以此来消灭园内越冬的病害菌源。
②在桃树开花前后、展叶期、幼果期时，可以使用2500-3000倍的72％农用链霉素或3500-4000倍的硫酸链霉素或3500-4000倍的新制霉素或500-800倍的65％代森锌或500-800倍的70％代森锰锌或700倍的75％的百菌清或机油乳剂等喷施2-3次，普通园地每隔10-15天喷施1次，发病较重园地每隔7-10天喷施1次；或者使用250-300倍的靓果安+600倍的沃丰素+有机硅助剂喷施2-3次，每隔10-15天喷施1次，病情严重园地可以把靓果安按照150-200倍的浓度使用，并配施1000-1500倍的大蒜油喷施，每隔3-5天喷施1次，同时使用200-300倍的青枯立克+300-500倍的地力旺+600倍的沃丰素进行灌根促长。
③在桃树采果后，可以使用200-250倍的哭腐灵+有机硅助剂全园喷施1次杀菌。
④此外，在防治细菌性穿孔病方法上，也可以进行药物复配喷施，可以在桃树发芽前喷石硫合剂，在桃树开花前喷施春雷霉素+氯溴异氰尿酸，在桃树谢花后喷施农用链霉素+嘧菌酯，也可以在易病发期使用中生菌素或噻唑锌或枯草芽孢杆菌/春雷霉素/噻霉酮+戊唑醇+过氧乙酸的方法连续喷施2-3次，每隔10-15天左右喷施1次。
在喷施药物时需要注意，早期预防可以适当降低浓度，病情发生后，病期长、病害重，可以适当提高用药浓度，但是最高不可超过规定的用量浓度，并且要注意交替用药，以防病菌对药物产生抗性。
