最近很多企业问到如果母公司与政府签订土地协议，取得土地开发权益，计划以子公司名义开发，需要注意哪些事项？
根据《国家税务总局关于明确金融 房地产开发 教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税[]140号）第八条规定：“房地产开发企业（包括多个房地产开发企业组成的联合体）受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除：
1.房地产开发企业向政府部门支付的土地价款房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司；
2.政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；
3.项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。
实际操作中，为避免土地增值税清算时土地成本无法在项目扣除，企业操作应按照以下几点进行：
1. 取得土地使用权相关票据应及时进行变更，申请人竞得土地后，拟成立新公司进行开发建设的，应在申请书中明确新公司的出资构成、成立时间等内容。
2. 出让人可以根据招标拍卖挂牌出让结果，先与竞得人签订《国有土地使用权出让合同》，在竞得人按约定办理完新公司注册登记手续后，再与新公司签订《国有土地使用权出让合同变更协议》;也可按约定直接与新公司签订《国有土地使用权出让合同》。
尽可能避免母公司直接转让土地，利用政府层面实施主体的变更，依据就是出让合同的重签或者变更，同时与政府约定母公司拍地与子公司设立是连续的环节，土地部门也不会先将土地证办到母公司名下，因此不应视为转让。
3. 子公司需要注意土地成本入账的凭据除了变更或重签的合同外，最好将母公司取得的出让金专用票据交还财政，根据新签署的合同重新换取子公司抬头的票据入账。
在实务操作过程中，如果企业同政府没有预先设计，存在出让金专用票据开给母公司无法更换到子公司的情形，这种情况下，视为土地使用权转让。需要缴纳土地使用权转让过程中涉及的各项税金。
以上所列的子公司是全资子公司，如果企业同政府预先设计，将发票和合同全部变更至全资子公司后，然后又将全资子公司的股权部分或者全部转让给第三方，这种情形也视为土地使用权转让，需要缴纳土地使用权转让过程中涉及的各项税金。
因此，在这里提醒企业，尽管拿地情况复杂，但一定要抓住问题的关键，就是拿地主体的决策，一旦决策失误，重新调整风险巨大。
