一、连作障碍发生的原因：1、土壤盐渍化：连作影响土壤养分的分配和平衡。在设施内植物对所需养分吸收有限，而人为施肥多偏爱施氮磷钾等大量元素，对微肥及炭肥重视不够，造成单一元素积累过多，而需要的又连年消耗得不到补充，土壤内养分平衡必然失调。
2、作物自毒物质的积累某些作物可通过地上部淋溶、根系分泌和作物残茬、落叶腐解等途径释放一些物质，对同茬或下茬同种或同科作物生长发育产生抑制作用，这种现象叫自毒作用。多年连作，势必引起的自毒作用越来越明显，连作障碍就会出现，连作时间越长，障碍越严重。
3、土壤有益菌减少，有害菌积累，导致土传病害加重由于连作，形成了特殊的土壤环境，使固氮菌、根瘤菌、光合菌、放线菌、硝化细菌、氨化细菌、菌根真菌等有益微生物的生长繁殖受到抑制，而有害微生物大量滋生，土壤的微生物区系发生变化。
4、元素平衡被破坏由于蔬菜对土壤养分吸收的选择性，单一茬口易使土壤中矿质元素的平衡状态遭到破坏，营养元素之间的拮抗作用常影响到蔬菜对某些元素的吸收，容易出现缺素症状，终使生育受阻，产量和品质下降。那么，什么方法是有效的改良土壤方式呐？一是，合理使用化学肥料施用化肥时要注意根据土壤、作物的缺肥情况来定，缺什么补什么，缺多少补多少，不能为了产量过度施肥。是能够做到测土施肥，这样能做到氮磷钾比较精准的投入。二是，增加有机肥料的投入土壤的肥力好不好要看土壤中有机质的含量有多少，施入有机肥可以补充土壤有机质。有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长繁育的地方。三是，向土壤施入有益生物菌肥料通过微生物的生命活动，可以增加土壤团粒结构的离子交换频率，减少土壤的相对质量，从而增加农作物与土壤有机物质的接触率，改善了土壤的结构。
