1366年，朱元璋开始在南京建造自己的吴王（朱元璋称帝前称吴王）宫殿，一年建成，但是规模很小，1368年朱元璋称帝，建都应天府（南京），这里没有庞大的宫殿建筑为皇家代言，于是扩建吴王新宫，修建皇宫就开始了，前后历时20余年，建成了占地面积101万平方米的宫殿建筑群，在当时是世界上最大的宫殿，后被称为“世界第一宫殿”。
南京故宫分皇城和宫城，合称皇宫，成凸字行，南北长2.5公里，东西宽1公里，周长共9公里，以中轴线为对称修建。
皇城由南端的洪武门进，到承天门中间的御道上，有五座石桥，名“外五龙桥”，桥下就是外御河。在洪武门至外五龙桥之间的御道两侧，是明朝中央官署区。御道西侧是高级军事指挥机构，包括中、左、右、前、后五军都督府，以及太常寺、通政司、锦衣卫、旗手卫、钦天监等；御道东侧是中央高级官署，包括宗人府、史部、户部、礼部、兵部、工部，以及翰书院、詹事府、太医院等。在承天门与端门之间的御道两侧是庙社区，东边设置了祭祀皇帝祖宗的太庙，西边则是祭祀神灵的社稷坛，再向北走就到了午门。
明南京故宫奉天殿复原图
进入午门，又有五座石桥，称“内五龙桥”，桥下为内御河。过了桥就是奉天门，由南向北依次建有奉天、华盖和谨身三大殿。三大殿的东侧有文华殿和文楼，西边有武英殿和武楼，统称为“前朝”五殿。奉天殿，就是人们常说的金銮殿，是朱元璋举行重大典礼和接受文武百官朝贺的地方。后来北京故宫的太和、中和、保和三殿，就是模仿奉天、华盖、谨身三殿建造的。
三大殿之后，是皇帝与后妃生活起居的地方，名叫“后廷”。处在中轴线位置上的是乾清、交泰、坤宁三宫，左有柔仪殿（东宫），右有春和殿（西宫），两殿相对。东北角为东六宫，西北角为西六宫。在春和殿西侧还有御花园。“前朝”与“后廷”相结合，组成“朝廷”。
1880年拍摄明故宫午门奉天门
14，北京故宫建成，朱棣迁都北京，但是北京故宫的规模和防御工事等都不及南京故宫宏伟，1425年朱高炽继位，一度想迁都会南京，但是只可惜命不长，当了10个月的皇帝就没了，到他死时南京故宫的维修也没有结束，一直到次年，这也是明故宫在还健在是的最后一次维修，此后的两百多年在没有维修，经历风吹、日晒、雨淋、雷击，到崇祯年间，南京故宫大部分都以坍塌，损毁严重。后朱由崧在南京故宫继位建立南明有过简单的维修。到清康熙年间“宫阙无一存者”。
1888年拍摄明南京故宫午门
1853年太平天国定都南京，为建造新宫，大量拆除明故宫的砖石瓦片，湘军为剿灭太平军火烧南京，明故宫遭到了彻底的破坏，只剩下在埋在土里面的地基构建了。
