北京市内资企业研究开发费用税前加计扣除专项审计操作流程
一、设立专门研发机构：
规定，“企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。”
为了准确核算研发费用，用足用活加计扣除，避免不必要的涉税风险，企业应尽量成立研发机构。如果不成立专门的研发机构，一些研发费用和生产经营费用很难分清的项目，如果划分不清，则可能失去加计扣除的机会。
如何成立内部研发机构问题：
1、有企业技术中心并且经外部行文认定过的，可通过公司管理层 (可以为企业总经理办公会或董事会) 决议的形式在年初明确由企业技术中心承担。
2、如果没有企业技术中心的，则由公司董事会以决议形式确定内部研发机构的设立及组成人员。
二、确定研究开发活动：
研究开发活动是指企业为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。
要求：有关研发活动(可以称为研发项目) 必须符合《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（度）》的领域要求。(注：此处度指南会随年度或国家政策而变化，应注意查阅更新)
研发项目或活动的证明文件：
1、外部立项文件：包括国家有关部门的立项文件或备案证书，以及单位与有关部门签订的项目任务书或合同；
2、无外部立项的：企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
3、自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算 (可作为2之决议文件的附件)；
4、自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单 (可作为2之决议文件的附件) ；
其他注意事项：在确定有关研发活动项目时，尽量到市、区科技部门取得有关鉴定意见书(该鉴定意见书主要是证明研发活动符合重点领域的证明文件，在加计扣除时税局可能要求提供；按汇算清缴的实际情况，税局对提出加计扣除的企业大部分均要求提供科技局的证明文件)。
三、研发活动的组织实施和财务核算
1、明确税前加计扣除规定：
8个可加计扣除的费用项目包括：
（一）新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。
（二）从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。
（三）在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。
（四）专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。
（五）专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。
（六）专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。
（七）勘探开发技术的现场试验费。
（八）研发成果的论证、评审、验收费用。
试行办法对可以加计扣除的研究开发费用强调了与研发项目的直接相关性和关联性，且采取了列举的方式进行，不在列举的8个费用范围内的支出不得作为加计扣除项目计算。
2、研发活动的具体实施：
由研发项目组根据研发目标、预算负责组织实施。由于部分研发项目与生产活动紧密相关，因此，要考虑合理安排研发活动与正常生产经营。在研发活动过程中，应严格区分研发支出与正常生产经营支出，避免随意扩大或虚列现象的出现。为此，在研发活动中，应完善和实施如下有效措施，以保证研发活动的正常实施和为税前加计扣除提供证明文件或依据：
(1) 加强研发人员的日常考核管理，包括考勤、科技活动、参与项目时间等情况的每月考核。此项日常工作，可由项目组专人结合有关考核用表格进行。(形成的证明文件至少包括各每月的研发项目考勤表、各研发人员职责履行情况、研发目标完成或阶段性情况总结文件等)
(2) 加强研发项目专用设备、仪器的管理和维护。最好是实施专人管理；实务中，大部分企业的研发活动是基于企业的正常生产线上间或进行的，而税前加计扣除办法中只有专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费才可以享受加计扣除，因此，在组织实施研发项目活动时，应注意区分和考核。对于在生产线上实施的研发活动，应由研发机构与生产部门共同协商解决研发活动时间安排，并作出相应记录，记录一般须经两部门认可。(形成的证明文件至少包括每月的各研发项目耗用生产设备统计表，该表一般应包括研发设备的使用时间日期及使用时间、消耗的电量统计等内容；专用设备研发活动安排计划、专用设备购置计划以及有关订货合同、发票等)
(3) 加强研发活动耗用材料的管理，完善相关手续。首先，研发材料的领用应由研发机构(或研发小组)专人领用，并注明是何研发项目使用。研发项目活动耗用材料应与研发项目相关。(形成的证明文件至少要有各研发项目材料领料单或出库单、耗用材料汇总表等)
(4) 研发活动使用的无形资产，应包括专利许可合同、转让合同以及有关服务发票等。
3、研发活动财务核算：核算时一般直接将有关费用计入相应研发项目。共耗费用一般较少，若有，则需按合理的办法进行分摊。
核算依据：企业所执行的会计制度及财企〔〕194号《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》。
(1) 执行行业会计制度和《企业会计制度》的企业，应当在管理费用下设二级明细科目“研究开发费”，同时以项目核算的方式在二级明细科目下按研发项目进行费用明细核算；
(2) 执行新会计准则的企业，应按无形资产准则要求，在“研发支出”科目下设费用化或资本化二级明细科目，并按项目核算的方式分别不同的研发项目进行明细费用明细核算。一般均为费用化。
注意：由于企业的研发支出不仅包括可以税前加计扣除的费用支出，而且还包括不能加计扣除的费用项目。因此，在进行项目核算时，不仅要按项目进行划分，而且还要按不同项目的不同费用类别进行
四、研发项目活动结束及时由研发项目组收集整理研发项目的效用情况和研究成果报告。
五、年末在进行所得税汇算清缴时，及时将下述资料准备齐全，与前表中可以加计扣除的研发费用归集表一并报税局审查：
（一）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
（二）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
（三）自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。
（四）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
（五）委托、合作研究开发项目的合同或协议。
（六）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
