魏晋之际，玄学成为思想文化领域风靡一时的主流思潮。从社会政治角度讲，玄学源于汉末的清议，由于害怕朝廷的高压，士人们的谈论由具体社会问题转向空玄的人性。从思想文化角度看，玄学源于对《老子》、《庄子》、《周易》的注疏。魏晋玄学提倡个体觉醒、理性思辨，关注的问题主要集中在两个方面：一个是“无”和“有”的关系，以何晏、王弼为代表的玄学家主张“贵无”，而向秀、郭象、裴 （wěi）主张“崇有”。另一个是名教与自然的关系，嵇康提出“越名教而任自然”、“非汤武而薄周孔”，王弼等人提出名教源于自然，向秀、郭象等人则认为名教与自然同一。
两晋时，玄学在思辨方面与佛、道两家互相影响，南朝时则表现为本质上向儒家礼教的靠拢和回归。魏晋南北朝是佛教在中土大发展并日渐中国化的时期。宗教建筑数量激增，首先是寺院，西晋时只有180所，到南朝梁时仅建康地区就有500多所。北魏太和元年，有寺院6478所，北魏分裂后，北齐、北周共有4万多所。集宗教文化、雕塑、绘画、建筑艺术于一体的甘肃敦煌石窟、大同云冈石窟（见彩图十七）、洛阳龙门石窟、邯郸响堂山石窟、甘肃麦积山石窟（图5—2）的开凿都始于或完成于这个时期，并逐渐形成石窟寺艺术的本土风格。
在中原发展迅速，形成六家七宗，即本无、即色、识含、幻化、心无、缘会六家，上述六家加上本无异称为七宗。这个时期名僧众多，道安、慧远、智 、鸠摩罗什、佛图澄、竺道生等都是僧人中的佼佼者。禅宗初祖达摩、二世祖师慧可都是这个时期的人。除此之外，佛教信众之多也是空前的，西晋时只有僧尼3700人，到南朝梁武帝时竟增加到10万人。北魏太和初僧尼不到8万人，末期增至200万人，北齐、北周时达300万人。北朝时两度“灭佛”，也未能遏止寺院势力的扩张。
道教是中国土生土长的宗教，在两汉时期还处于原始形态。东汉末黄巾起义，就以道教作为联络动员群众的工具。黄巾起义失败后，原始道教也发生变化，其中一个流派在群众中继续传播，以符水道术等为人“消灾灭祸”。另外一个流派则专以炼丹、修仙为务，因而在封建统治者中广为传播。东晋有葛洪创建的金丹派 、许迈等人创建的上清派 ，南朝刘宋陆修静创立的灵宝派 ，不仅充实了道教理论，而且制定出一套仪规，使道教更具宗教形式。南朝梁陶弘景所着《真诰》和《真灵位业图》是颇具影响的道教典籍。北魏寇谦之清理整顿道教，除去早期五斗米道的陈规旧习，主张礼拜求度，练气服食，兴建道场，建立帝王受箓制度，在道教发展史上具有重要地位。
儒、玄、佛、道各有理论及思想体系，在魏晋南北朝时期激烈碰撞，玄学以叛逆姿态冲击儒学，佛、道之间也曾有“夷夏”之争。然而四者之间也有交融的一面，许多政治家玄儒双修，以儒治国，以玄自修；道教称“求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本” ，与儒家思想产生共鸣；不少高僧又有高深的玄学造诣，体现了佛玄的互补。以儒学为主体，儒、玄、佛、道四者之间相互交融，促使中国传统文化发展成为内涵更加丰富的多元复合结构。
