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微生物群落是养殖生态系统的重要组成部分，在一定程度上决定养殖生态系统的稳定性，并能够较好地指示养殖环境健康状况，因此，通过养殖环境微生物群落结构的研究来比较不同养殖模式对养殖环境及鱼类健康的影响备受关注。
该研究利用Miseq测序技术分析了黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco在三种养殖模式(黄颡鱼单养A、黄颡鱼草鱼混养B和黄颡鱼草鱼鲢鳙混养C)下养殖水体及底泥微生物群落结构多样性。研究结果发现，在三种养殖模式下末期水体的微生物群落丰度和多样性均高于养殖初期。B模式下水体的群落丰度最高，C模式下水体微生物群落多样性最高。C模式下黄颡鱼体增重和特定生长率最高。样本聚类分析结果发现A和B模式下的水体和底泥的菌群组成及群落结构相似性较高，C模式下样本单独形成一类。此外，各样本之间的优势属组成有较大差异, 养殖末期水体较养殖前期水体的细菌属更丰富，部分水体样本中包含了一些致病菌或条件致病菌，例如：A模式下水体样本中黄颡鱼条件致病菌气单胞菌属(Aeromonas)在养殖末期丰度占优势，存在潜在致病风险，而B、C模式下检出量极少甚至未检出；B模式下，草鱼排泄物造成水体中具有分解有机质功能的部分微生物丰度显着增大，同时整体群落丰度也较高, 促进浮游生物的生长，可能导致水体富营养化升高；C模式下的环境样本中拟杆菌门细菌含量大幅下降，说明滤食性鱼类鲢鳙的引入有效消耗水体中的草鱼粪便及残余饵料。
本文探讨了在不同养殖模式下环境微生物组成及变化规律，从微生物群落结构和多样性的角度考虑，主养黄颡鱼，草鱼、鲢、鳙混养是一种值得推荐的养殖模式，研究结果将为黄颡鱼生态健康绿色养殖模式开发提供理论依据和数据支撑。
黄颡鱼养殖模式及池塘微生物群落结构
A. 黄颡鱼的体增重及特定生长率；
B. 基于高通量测序结果的聚类分析结果；
C. 样品在属水平物种相对丰度
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