公立医院开展绩效考核要求按劳分配、优绩优酬，合理拉开收入差距，这就要求医院的绩效考核方案要兼顾效率和公平的关系，公平太大，效率太差。同时，任何一个绩效考核方案都不可能是单一指标的，单一指标无法体现和反映一家医院的全部绩效，所以要建立一个绩效考核的指标体系。绩效考核杜绝随意性，其方案和指标一经确定，在一定期间之内不能改动。
一、考核指标的设置。不同医院根据自身的级别和实际需求，以及内外部环境的影响可以确定不同的考核指标，绩效考核方案不限于确定的这些指标，可以增加，也可以减少。例如，旗县级医院就可以不设置新技术新业务、课题、专著、论文等考核指标，因为公立医院改革要求基层医院医务人员评职称不用论文、科研等。没有制剂中心的医院可以不设置自制药占比指标。企业之间的竞争是抢夺用户，医院之间的竞争就是看谁的医疗服务水平高、谁的患者舒适度和患者满意度高，谁能够吸引更多的患者。所以,设定绩效考核指标时一定从医疗服务的质量和数量、医疗风险和难易度、医德医风等方面出发，把门诊量、出院人次、手术量等量化指标纳入考核以保证绩效考核的公正客观，同时，也要把患者满意度、公益性等指标纳入考核，以体现了医院的社会公益性。
二、确定绩效考核指标的权重。绩效考核指标权重的设置，可以实行百分制，也可以实行千分制。考核指标的权重显示出医院的考核重点，例如，财务纬度是50%，就证明该医院目前的考核重点是成本控制。在绩效考核中要重视科室的成长性，成长性科室比非成长性科室更重要，因为我们的医疗服务项目和收费价格是政府确定，有的科室医疗服务收费项目少，有的科室医疗服务项目收费标准非常低，即使再努力也是亏损的；有的科室收费项目多，并且收费标准高，稍微一努力就可以实现，所以，有的科室即使百元医疗收入成本这个最重要的考核指标超过百元，该科室是亏损的，我们也认可。因为我们制定医疗服务价格时较多的考虑了固定资产的消耗，对于人力成本考虑较少，造成设备类收费标准较高，体现医务人员劳务价值的技术服务类项目收费标准较低。例如儿科和急诊既没有多少收费项目，而且收费价格偏低；CT和B超的收费单项较多且价格偏高。
三、目标值的设置。确定绩效考核方案中考核指标的目标值时要根据医院的实际情况：一方面目标值不能太高，太高达不到要求，容易使被考核者丧失信心，放弃努力；另一方面目标值不能太低，太低容易实现，容易使被考核者失去努力的动力。黑格尔说过：存在即是道理。凡是存在的事物就天然具有合理性...凡是合理的都是存在的，凡是存在的都是合理的。所以，目标值一定要按照每个科室各个指标的实际情况来确定。根据历史数据测算、确定一个目标值，这个测算期间不要太长，有一年就可以了，因为期间太长了，医院的体量、医院架构、业务范围、相关数据、内外部环境等会发生很大的变化，没有可比性。所以，绩效考核指标的目标值按照各个指标的实际情况略作优化来确定。
