安徽工程大学，是以理工为主的高校；而安徽农业大学，则是以农林为主的高校，两所学校虽然教研领域并不相同，但是两所学校的实力相对安徽省内众多“双非高校”而言，确实都比较强，影响力也比较大，都属于安徽省内知名高校。
安徽工程大学，是一所电机为主的高校，他的前身是安徽机电学院，看校名就知道事宜“电机”为主的高校。这所学校早期被改建为东方红电机厂，所以他不仅有教学经验，还有生产经验，属于产学研都有积淀的院校。因为机电的基础学科，就是机械、材料、控制等，所以他在这方面的实力都比较强。
安徽农业大学，获得了老安徽大学的农学院专业，所以建校班底实力确实是比较强。不过，这所学校最大的优势是茶叶，因为这个专业他建校比较早，而且获得了优势资源，并且安徽省是茶叶大省，所以茶学对安徽来讲非常重要。从学科的角度来看，安徽农业大学在生物、生态、园艺、作物和植物保护方面都比较强，但是真正打出名声来的，还是茶学。
从规模上来讲，安徽农业大学的规模远大于安徽工程大学，两所学校都属于专类高校，但是安徽农业大学是农业全领域高校，所以涉猎的学科和专业设置更多一些。事实上，农业院校几乎就相当于一所综合性大学，如涉及农业工程其实就是涉农工科，农林经济就是经济学领域等。总体来看，安徽农业大学的实力胜过安徽工程大学，这主要是因为安徽农业大学规模更大，相对优势更多一些。
