荔枝果实从雌花开放到成熟经历三个阶段，即：种子的种胚发育及果皮种皮细胞增殖阶段，种子迅速发育阶段，果肉迅速生长和果实成熟阶段。在果实发育的第一阶段后期和第二阶段初期，大核品种由于环境条件特别是低温的影响，或由于营养物质不足，致使胚的发育受阻，种子败育或发育不全，就成为小核果，而且影响因素出现越早，核就越小。
荔枝小核品种的小核率不稳定，即小核果的比率有时小，有时大，主要是受外界条件的影响和树体养分不足所致。因为在同一植株上，小核果的竞争不及大核果。当环境条件不良、养分不足时，首先脱落的是小核果，保留的是大核果，这就使小核果比率降低，大核果比率提高。若情况相反，则小核果的比率提高，大核果的比率降低。
