荔枝果实从雌花开放到成熟经历三个阶段,即:种子的种胚发育及果皮种皮细胞增殖阶段,种子迅速发育阶段,果肉迅速生长和果实成熟阶段。在果实发育的第一阶段后期和第二阶段初期,大核品种由于环境条件特别是低温的影响,或由于营养物质不足,致使胚的发育受阻,种子败育或发育不全,就成为小核果,而且影响因素出现越早,核就越小。
荔枝小核品种的小核率不稳定,即小核果的比率有时小,有时大,主要是受外界条件的影响和树体养分不足所致。因为在同一植株上,小核果的竞争不及大核果。当环境条件不良、养分不足时,首先脱落的是小核果,保留的是大核果,这就使小核果比率降低,大核果比率提高。若情况相反,则小核果的比率提高,大核果的比率降低。