40%菌核净可湿性粉剂1500~2000倍液;50%速克灵可湿性粉剂1500-2000倍液;50%托布津可湿性粉剂400倍液;50%多菌灵可湿性粉剂800倍液。每10天喷药一次，共2-3次。
发病初期要立即喷药，可选用40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液。植株茎的基部和地面上应喷洒药液。隔7-8天一次，连续防治3-4次。
番茄菌核病属于真菌性病害，主要为害叶片。因此在番茄种植中，应深翻土壤进行暴晒，并实行轮作，种植后保持良好的通风和排湿，并加强管理。发病后根据种植方式选择速克灵烟剂，异菌脲或菌核净可湿性粉剂进行防治。
蕃茄菌核病用速克灵与多菌灵交叉喷雾防治。
用速克灵和多菌灵交替喷雾防治。
可喷用0.2%石灰等量式波尔多液或50%可杀得三千可湿性粉剂1500倍液防治。
