沼气池内厌氧发酵是依靠微生物的活动，微生物接触到有害物质时就会中毒，轻者停止繁殖，重者死亡，造成沼气池停止产气.因此，不要向池内投入下列有害物质：各种剧毒农药，特别是有机杀菌剂、抗生素、驱虫剂等；重金属化合物、含有毒性物质的工业废水、盐类．刚消过毒的禽畜粪便；喷洒了农药的作物茎叶；能做土农药的各种植物，如苦皮藤、桃树叶、百部、马钱子果等；辛辣物，如葱、蒜、辣椒、韭菜、萝卜等，或其秸秆；电石、洗衣粉、洗衣服水都不能进入沼气池。
如果发现微生物已经中毒，应该将池内发酵料液取出一半，再投入一半新料就能正常产气。
