全国青少年科技创新大赛在线展厅中的获奖作品在社交网络中引发学术不端的争议，因为绝大部分小学生中学生的获奖作品明显不可能是靠学生自己独立能完成的。其中引发热议的一件获奖作品是昆明小学生陈灵石的作品《C10orf67在结直肠癌发生发展中的功能与机制研究》，他的作品被认为是其父母或父母的学生帮助完成的。
家长对科创大赛热衷的一个原因是它的获奖级别和名次一度与中高考加分相关联。以往大学自主招生获得初试资格一般有两个办法，一是学科竞赛，还有就是科创比赛，后者难度远逊于前者。 年 1 月，教育部发出通知，明确从今年开始自主招生正式取消，通过比赛高考加分自此走入历史。
