讲到战国的忍者，最有名的就属伊贺和甲贺两大忍者流派。
伊贺派发源于现今三重县北部，甲贺派则起源于滋贺县南部。两个流派都位于铃鹿南北边的偏僻山区，据说这地区自古以来山贼横行。
伊贺忍者原来是由东大寺领国，本来是提供东大寺木材以及生活资源的领民，为了筹集物资，常常入侵到别的领地掠夺资源。久而久之，逐渐壮大起来，而东大寺也失去对对村子的控制力。
后来南北朝分裂时，协助南朝后醍醐天皇对抗足利幕府军队，获得官方认可，不过在战国时代，伊贺忍者曾经对抗织田信长，被其大肆追杀，为了逃离织田信长的追杀，伊贺忍者四散到日本全国各地，成为各国诸侯的密探。
二、甲贺忍者
甲贺忍者是源自于古代山中的修道者，这些人在修炼的过程中为了锻炼体力以及精神力，因而发展出了独特的武术、医术以及催眠术等技能。在南北朝分裂时，这些甲贺者立下战功，逐渐发展成为诸侯的谍报部队。
武田信玄使用的忍者叫做透波，主要活跃于山梨县、长野县一带，内部分成间见、见方、目付三职，因此叫做三者。最早三者主要是由武田家的饭富虎昌、甘利虎泰及板垣信方各自统帅10人从事谍报、谋略及监察等工作。
武田信玄在上田原之战失败后，重视到情报重要性而重新整顿编制，打扮成僧侣或商人监视其他大名的动向以及兵力、城防的情况，信玄活用其组织，不仅要它们搜集资讯，也派他们广发谣言与散播假情报，多次使敌人掉入陷阱，主要特色是活用狼烟。
四、轩辕忍者
轩辕是上杉谦信的忍者众，另有猿忍的称呼，活动在今新泻县及富山县等地，她们熟悉山地地形，常伪装成商人、山伏、僧侣潜入各国搜集情报。与武田忍者集团只要是为搜集情报不同，轩猿忍者以战场先遣队为主要工作，先遣队的意思就是击杀敌军忍者，为自己军队肃清耳目，保证部队安全。
武田信玄临终前立有遗嘱，死后三年密不发丧，而信玄死后仅过了十三天，上杉谦信就已获悉其死讯，在这些猿忍眼中，北越七国的领地界线好似形同虚设。据传现代富士山中的一些药行商人，就是那些轩猿的后代。五、风魔
风魔忍者从北条早云时代开始，就跟随了北条家五代，他们只受雇于北条家，为足柄山中的忍者集团。其领头者代代都名为风魔小太郎，风魔专长是使用特殊骑马术，活跃于北条的奇袭部队。
小田原之役之后，北条氏灭亡，德川家康取得天下后，转身成为盗贼在江户引起骚动。遭风魔党对立的甲州流透破头领高坂甚内密报，家康悬赏逮捕五代目风魔小太郎，之后处刑，风魔一族自此灭亡。六、黑胫巾组
黑胫巾组是伊达政宗所筹组的忍者组织，根据《伊达秘鉴》的纪录，黑胫巾组是伊达政宗命令信夫郡的鸟屋城主安部重定筹组，成员是由邻近的出羽三山的苦行者挑选招募。
《老人伝闻记》记载黑胫巾组后期按照仙台藩的地理位置，分设南、北、佐沼、石卷、本吉南方、气仙及本吉北方六个组，主要的任务是游走全国从事谍报任务、制造流言、敌后骚扰以及新占领地的治安警戒但是江户时代初期并没有相关情报，多数记载是突然出现在江户中期有关伊达家的军记或文献里，因此也被怀疑是个虚构组织。
除了以上几个，还有诸多忍者流派，不过不管哪个流派上推鼻祖，都会跟伊贺和甲贺两派有关。而在文献上最早的忍者是圣德太子旁边的大伴细，但他到底是伊贺还是甲贺的始祖，就不清楚了。
