电影《哈利·波特1魔法石》讲述了在一个有魔法存在的世界中，一对勇敢的英雄夫妇为了保卫自己所处世界的安宁，在与坏人斗争中双双牺牲后，留下的孩子哈利·波特的故事。
由于哈利·波特是一个孤儿，所以从小就寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世：父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有自己幸免于难。哈利听从海格的指示，独自踏上了去往霍格沃茨学院的火车。
在这列火车上哈利认识了故事中帮助自己战胜坏人拿到魔法石的好朋友罗恩和赫敏。
哈利进入霍格沃茨后，在一次飞行课堂上，表现出了超乎想象的飞行天赋，于是便得到了麦格教授的推荐，从而进入了自己父亲也进入过的格兰芬多的魁地奇球队。并成为了魁地奇球队历史上年纪最小的找球手。
另一方面，哈利·波特在进入霍格沃茨学院后发现了校内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，通过海格的种种说法，哈利知道了能量强大的魔法石的存在，还有杀害自己父母的坏魔法石伏地魔的信息。在多重观察之下，哈利与朋友们认为学院里与伏地魔为统一帮派的人是魔法药学老师斯内普。
于是哈利便与两个伙伴罗恩和赫敏去到三只恶犬守护地一探究竟。哈利三人鼓足勇气，冒着被学院开除的风险，进入了魔法石的所在地。在通过恶犬、树藤、和魔法棋的阻碍后，哈利成功进入到了离魔法石最近的地方。但却在这里见到了令哈利意想不到的人。
通过他的叙述，哈利才知道了原来是自己错怪了斯内普老师。在这里哈利得到了魔法石，并且再次见到了伏地魔，最终依靠魔法石和自己力量的叠加赶走了想要夺走魔法石的伏地魔。
最终哈利所在的学院获得了最高得分，成为了第一名。哈利也在学期结束后踏上了回到表兄家的火车上。哈利·波特与魔法石的故事到此已经告一段落，关于哈利·波特的故事还在继续。
