《东京教父》想要讲述的，其实是关于父亲与女儿的故事。
美由纪误伤了父亲后，逃家成为了游民。阿仁欠下大笔的债务，觉得自己愧对了女儿而成为流浪汉。变性歌手小花冲动下打伤客人，怀着愧疚离开了驻唱的酒吧。
这三个人在街头相遇，组成了毫无血缘关系的家庭。
这个故事里，所有人都曾经是别人的女儿，或是某个女儿的父亲。小花的性别介于阿仁与美由纪之间，在社会的边缘上更承受许多歧视的眼光，但也更能用宏观的视野观看两个性别身份的困境，曾是男性的「她」理解阿仁背负的枷锁，现在是女儿身的「她」，又能体会美由纪身从女孩迈入青春期的踌躇。
小花走投无路之下，重返妈妈桑的店，原以为会遭受一顿责骂，反而获得妈妈桑的关爱。
男性自古被要求承受大部分的胜败，阿仁担负起照顾整个家庭的责任，沉重的压力让阿仁逃避过去与现实，当阿仁看到另一个在烂醉里逃避现实的男人时，他终于察觉真实的自己，若不及时醒悟，他将永远无法改变自己与女儿的命运。
电影里泰半的流浪汉都是男性，当他们无法发挥社会功能时，面临的命运比女性更残酷。或许某方面来说，男性需要被允许在女性前释放自己的懦弱，更正确的说，无论男或女，我们都应该被允许坦承自己的脆弱与懊悔，就像是阿仁终于在暌别十几年的女儿面前让眼泪溃堤，或是美由纪在父亲面前坦承自己犯下的错误。
《东京教父》原本可能是针锋相对的悲剧，但在今敏精湛的幽默诠释技巧下，所有人的眼泪只是轻盈的点缀，电影的喜感并非来自于刻意的糗态，而是面对命运不仁慈顽强抵抗所产生的可爱。
在捧腹连连的桥段里，还是有一丝淡然的凄凉，但因为没有过于着重悲剧，反而能将最社会最深层的伤痛，用温柔的方式流泻进观众的心里。《东京教父》的另一个喜感，则来自于底层社会对于金字塔顶端之人的观点，流浪汉、变性人在电影里成为稀松平常的存在，反而社会高层人士的冷漠，才令人感到光怪陆离。
渴望被爱之人，反而通常知道如何爱人，那些缺乏爱的边缘之人，将爱的憧憬投射到了无助的灵魂，然后找到最终的归宿，从弥补别人的缺憾里得到成长，与其我们期待被爱，更期待别人需要我们的爱。
动画的魅力并非全来自于视觉的变换，将实拍的题材诠释得比实拍还来得有魅力，是最顶尖的魔幻！
今敏两部代表作《蓝色恐惧》与《东京教父》，原本都该以真人进行演出，然而却借由动画语言呈现更卓越的效果。《东京教父》省略了许多华丽的视觉错位，在平铺直述的架构裡展现强大的细节堆砌，让所有可能落为窠臼的巧合，变成惊喜连连的串接，让人感觉心灵受到洗涤般的幸福。
今敏的作品一贯主题都是在呼吁〈爱自己〉，在《蓝色恐惧》里鼓励人们即便必须活在别人的眼光里，也不要放弃活成自己想要的样子。《千年女优》里就算爱情没有结果，也不要唾弃那个曾经努力追寻的自己。《东京教父》则是即便自己曾是个最卑微的存在，还是有爱人的能力。《盗梦侦探》则疾呼即便没办法改变自己，但还是会有人喜欢上当下的自己。
要为自己而活，这是今敏用尽生命想要告诉我们的事情。
