十六年（庚子，公元40年）春季，二月，征侧和她的妹妹征贰反叛。九真、日南，合浦的蛮人全都起来响应，共攻占六十五个城。征侧自立为王，建都泠。交趾郡刺史和各郡太守仅能自守。三月，辛丑晦（三十日），出现日食。秋，九月，河南尹张及诸郡守十余人皆坐度田不实，下狱死。后上从容谓虎贲中郎将马援曰：“吾甚恨前杀守、相多也！”对曰：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不可复生也！”上大笑。
秋季，九月，河南尹张和各郡太守十余人，都因丈量土地中作弊，被逮捕入狱处死。后来，刘秀语气和缓地对虎贲中郎将马援说：“我十分悔恨先前杀了很多太守和相。”马援回答说：“他们的死和罪过相当，有什么多
多呢？只是已经死了的人，不能再复生了。”刘秀大笑。郡国群盗处处并起，郡县追讨，到则解散，去复屯结，青、余、幽、冀四州尤甚。冬十月，遣使者下郡国，听群盗自相纠，五人共斩一人者，除其罪；吏虽逗留回避故纵者，皆勿问，听以禽讨为效。其牧守令长坐界内有盗贼而不收捕者，又以畏捐城委守者，皆不以为负，但取获贼多少为殿最，唯蔽匿者乃罪之。于是更相追捕，贼并解散，徙其魁帅于他郡，赋田受禀，使安生业。自是牛马放牧不收，邑门不闭
各郡、封国的盗贼处处并起，郡县追击征剿，军队到时盗贼就散开，军队离开后又重新屯聚集结，青州、徐州、幽州、冀州四个州尤其厉害。冬季，十月，朝廷派使节到各郡、封国，听凭盗贼们自相检举攻击。五个人共同斩杀一个人，免除五个人的罪。即使官吏畏怯逗留、逃避、故意放纵盗贼，也一律不追究，允许以擒贼讨贼立功。州、郡太守、县令县长在所辖界内有盗贼而不拘捕，或因畏惧懦弱弃城放弃职责的，全都不予处罚，只看捕获盗贼的多少来排列先后名次。仅对窝藏盗贼的人才加罪。于是，大捕盗贼，盗贼全部解散。把他们的头领迁徙到其他郡，给他们土地，供应粮食，使他们安心生产。从此以后，放牧的牛马晚上不用牵回，城门夜间不用关闭，一片升平景象。
卢芳和闵堪派使者请求投降。刘秀封卢芳为代王，任命闵堪当代相，赏赐绸缎二万匹，让他为朝廷安抚匈奴，建立和睦的关系。卢芳上书谢恩，并说自己思念想往朝廷。刘秀下诏回答卢芳，让他明年正月来朝见。初，匈奴闻汉购求芳，贪得财帛，故遣芳还降。既而芳以自归为功，不称匈奴所遣，单于复耻言其计，故赏遂不行。由是大恨，入寇尤深。起初，匈奴听说汉朝悬赏捉拿卢芳，因贪图得到财帛，所以送回卢芳让他投降。后来卢芳以自动归附为功，不说是匈奴所遣，匈奴单于也耻于提到当初的谋划，因而汉朝没有进行赏赐。匈奴从此大为愤恨，入境侵扰得更厉害。马援上奏建议，应当按旧币制铸造五铢钱。刘秀赞同。百姓都因这一措施而感到方便。卢芳入朝，南下到达昌平。刘秀下诏命他停止，改为明年朝见。
