巴彦淖尔市农畜产品加工业发展势头强劲。截至目前，巴彦淖尔市已拥有规模以上面粉加工企业9户、饲料加工企业6户、植物油企业2户、肉制品企业16户、脱水菜企业6户、炒货企业17户、乳制品企业5户、番茄加工企业14户、制酒企业6户、绒毛企业18户。在这些以农畜产品为原料的绿色加工企业中，产值上亿元的企业有68户，其中上10亿元的8户。
巴彦淖尔市近年来积极推进种植业和养殖业的高效发展，小麦、玉米、葵花、番茄、脱水菜等优质高效农作物种植面积已占到总播面积的75%以上，并培育、壮大了中粮、鲁花、蒙牛、伊利、圣牧高科、河套酒业、恒丰、蒙羊等一批农畜产品加工企业，较大程度地实现了农畜产品就地加工、转化和增值。凭借河套平原得天独厚的自然条件，该市农畜产品生产一直居于自治区前列，脱水菜生产基地是全国最大的生产基地，番茄加工基地是全国第二大基地，该市还是羊绒和葵花生产的全国主要集散地，已初步形成绿色农畜产品生产加工输出基地。同时，与之相配套的各类养殖、种植基地纷纷在各旗县区落地安家，网上电子商务交易平台也相继建成投入使用。已形成从原料的源头保障到深加工再到销售的一体化产业体系。
