R 语言 安装DESeq2 dplyr 包遇到报错的彻底解决方案

一、问题

今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析，在安装DESeq2的时侯，遇到下面的报错：Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包

library(DESeq2)

载入需要的程辑包：GenomicRanges

载入需要的程辑包：GenomeInfoDb

Error:packageornamespaceloadfailedfor‘GenomeInfoDb’inloadNamespace(j<-i[[1L]],c(lib.loc,.libPaths()),versionCheck=vI[[j]]):

不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包

Error:无法载入程辑包‘GenomeInfoDb’

Inaddition:Warningmessages:

1:程辑包‘DESeq2’是用R版本4.1.1来建造的

2:程辑包‘GenomicRanges’是用R版本4.1.2来建造的

3:程辑包‘GenomeInfoDb’是用R版本4.1.2来建造的

我现在使用的是笔记本电脑，我的台式电脑安装就没有遇到问题，不知道为什么，于是开始搜索了一下教程，发现大家安装 DESeq2， dplyr 的时侯都会遇到不存在叫 RCurl 这个名字的程辑包的问题。

于是我就按照提示安装RCulr, 并且也尝试了安装GenomeInfoDb，GenomicRanges，但是又遇到新的报错如下:

installation of package RCurl had non-zero exit status

Thedownloadedsourcepackagesarein

‘C:\Users\sxl\AppData\Local\Temp\RtmpcJzv5g\downloaded_packages’

Installationpathsnotwriteable,unabletoupdatepackages

path:C:/ProgramFiles/R/R-4.1.0/library

packages:

class,cluster,foreign,lattice,MASS,Matrix,mgcv,nlme,

nnet,rpart,spatial,survival

Warningmessage:

Ininstall.packages(...):

installationofpackage‘RCurl’hadnon-zeroexitstatus

通过搜索发现了最终的完美的解决办法，就是直接安装二进制 binary 版本的R包。

两行代码解决：

install.packages("XML",type="binary")

install.packages("RCurl",type="binary")

参考文献： R包安装遇到“had non-zero exit status”（二） - 知乎 ()

本文由 mdnice 多平台发布