《哈6》的核心情节是哈利．波特在魔药课上得到了混血王子做过笔记的旧课本，接着他在邓布利多校长的授意下要求魔药学教授霍拉斯．斯拉格霍恩交出关于伏地魔少年学习时的记忆，以破解伏地魔的防御术。一番历险之后，哈利．波特与校长拿到了收藏部分伏地魔灵魂的魂器，但校长却死于倒戈的混血王子斯内普教授之手。可惜的是，电影基本略去了“伏地魔”从一个高材生变成大魔头的转变历程，对邓布利多和斯内普两人的关系也交代不清。比起炫目的特技，该集故事精彩度欠佳，情节性也不强。再加上该片和上一集已相隔了两年时间，令一些观众对电影中出现的人物和前因后果感到“晕头转向”。
同时，无论是哈利．波特，还是罗恩，以及马尔福的扮演者，随着年龄的增加，他们的长相已越来越成人化，哈利．波特的扮演者甚至还留起了小胡子。这令原著中可爱主人公的吸引力大打折扣。更要命的是，导演用去60%的篇幅来讲述几位年轻魔法师的恋情，让观众觉得和电影主线关系不大，“哈利．波特演的就像琼瑶剧里的男主人公，导演将爱情处理得太重了。”
