益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。除了这点区别还应该注意以下几点：
1 、益生元作为模拟母乳中的低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
2、 益生菌是外源细菌作用更直接。但是它有较明显的针对性即针对不同的病因，及体质添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
3、 在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸（强酸环境）和肠液（碱性环境）的腐蚀，而益生元不是生物不存在存活率的问题。
4 、免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部直接添加益生菌时不同体质的人体，可能会产生不同的反应。
