《山海经》是我国最早记述药物功效的文献，宛如一部药学经典
《山海经》虽然以地理、神话为主，但也涉及其他知识，比如中医，而且是较早涉及到中医知识的书，是我国最早记述药物功效的文献，对后世药学的发展有一定影响。
从其叙述方式来看，《山海经》对药物的产地、形状、特点及效用等内容均有所描述，这种方式，使得此书宛如一部药学经典，所以被称为我国本草著作的开先河之作。
举例来说，如《中山经》的青要之山，“有草焉，其状如兰，而方茎黄叶赤实，其本如槁本，名曰荀草，服之美人色。”《西山经》说英山上，“有鸟焉，其状如鹑，黄身而赤喙，其名曰肥遗，食之已疠，可以杀虫。”前者叙述了该草的形状，包括叶子、茎、果实、根以及整体的样子，最后总结其具有美容的疗效；后者是动物类的药，描述了这种鸟的样子、颜色鸟嘴，最后总结其疗效。这种写法已与后来的药物学著作没有太大的区别。
比如宋代苏颂的《本草图经》描述天门冬：“春生藤蔓大如钗股，高至丈余。叶如茴香，极尖细而疏滑，有逆刺，亦有涩而无刺者，其叶如丝杉而细散，皆名天门冬。夏生细白花，亦有黄色者。秋结黑子，在其根枝旁。入伏后无花，暗结子，其根白或黄紫色，大如手指，长二三寸，大者为胜，颇与百部根相类。”二者对比，可知《山海经》被誉为我国药物学的开山之作并非无据。
就其药名来看，《山海经》中药物包括了矿物、动物、植物三类，其类别已涉及到后来许多药书的分类法。如成书于汉代的《神农本草经》,分玉石、草、木、虫兽、果菜、米谷等类别，而以植物类药为主；成书于唐代的《唐本草》,分玉、石、草、木、人、兽禽、虫鱼、果、菜、米、有名未用等等其实主要也是矿物、植物和动物三类。
这些药物在后来的医药书中也经常出现。以最早的医学专书《神农本草经》而言，其成书于汉代，是我国医药史上第一次对药物形状、疗效的总结。《山海经》中记载的许多药物，均已被吸收编入此书，并有了更加深入的认识和记述如《中山经》中的条谷之山上有“亹冬”,此即天门冬。《本草经》中说：“天门冬，味苦平，主治诸暴风湿偏痹，强骨髓杀三虫，去伏尸。久服轻身益气延年。
《中山经》中的首山上多“术”,术有白术和苍术两种，据《神农百草经》说：“术味苦温，主治湿痹、死肌、痉疽，止汗除热，消食，化煎饵。久服轻身、延年不饥。一名山蓟，生郑山山谷。”
磁石，也称“慈石”,见于《北山经》中的灌题之山。《神农本草经》记载：“慈石，味辛寒。主治周痹风湿，支节中痛不可持物，洗洗酸痛，除大热烦满及耳聋。一名玄石，生山谷。又如石涅，《西山经》说女床之山多此物，是一种矿物药即石墨。《本草》中说：“黑石脂，一名石墨，一名石涅，南人谓之画眉石…
就药物的疗效而言，如治疗痔、肿(痈)劳(忧愁)腊(皮肤皲裂)、聋、眯、瘅、疟、腹痛、心痛、呕、疠(瘟疫狂、瘿(脖子上的瘤)疣、疽、睐、蛊、痤、厌(恶梦)噎、厥、盲、惑、嗌痛、迷、骄(狐骚)风、屁(消化不良)、疥白癬、痈、底(足茧)等，包括了内科、传染病、精神病、皮肤病等，其中有一些药物疗效已经被现代医学证实。
《山海经》里某些药物的疗效被验证之后，也被吸收到后来的各种医药典籍里。比如杜衡，《西山经》中说有个天帝之山，“有草焉，其状如葵，其香如蘼芜，名曰杜衡，可以走马，食之以瘿”。意思是吃了之后可以治疗脖子上的肿瘤，马吃了也跑得更快。《神农本草经的记载是：“杜若，味辛微温。主治胸胁下逆气，温中，风入脑户，头肿痛，多涕、泪出。久服益精、明目、轻身。一名杜蘅。生川泽。”其治疗的症状包括了头部的肿瘤，而且能“轻身”,即延年益寿，这同《西山经》中所说的“可以走马”相一致。
这样看来，《山海经》对后世医学的影响可说是非常显著。
