菌被公认为是“绿色保健食品”而受到人们的普遍欢迎。
在菇菌生产和加工中，有哪些被污染的环节和途径呢？总体来说，有以下途径。
（一）菇菌生产中的污染途径
1.栽培原料的污染
菇菌的栽培原料多为段木、木屑、棉籽壳、稻草和麦秸等农作物下脚料。有些树木长期生长在富含汞或镉元素富集的地方，其木材内汞和镉的含量较高。汞被人体吸收后，可出现神经中毒症状；镉被人体吸收后，可危害肾脏和肝脏，并有致癌的危险。此外还有铅等重金属元素，也会直接污染栽培料。如果大量、单一采用这些原料栽培菇菌，上述有害物质就会通过“食物链”不同程度地进入菌体组织，人们长期食用这类食品，就会将这些毒物富集于体内，最终损害人体健康。因此，培养料要尽量选用无农药残留，无重金属（特别是汞、镉等）污染的原辅材料。
2.管理过程中的污染
菇菌的生产过程中，要经过配料、装瓶（袋）、浇水、追肥及防治病虫害等工序。这些工序如不注意，随时都有可能被污染。在消毒灭菌时，常采用37%～40%的甲醛等作消毒剂；在防治病虫害时常用多菌灵、敌敌畏、氧化乐果乃至剧毒农药1605等。这些物质均对污染物有较高的残留量和较长的残毒性，易对人体产生毒害。此外，很多农药及有害化学物质，均易溶解和流入水中，如使用此种不洁水浇灌或浸泡菇菌（加工时），也会污染菇菌进而危害人体健康。因此，用水要符合GB5749《生活饮用水卫生标准》。
3.产品加工过程中的污染
（1）原料的污染菇菌的生长环境一般较潮湿，若原料进厂后不及时加工，堆放在一起，极易因自然发热而引起腐烂变质。加工时，若没有严格剔除变质菇体，加工成的产品本身就已被污染。
（2）添加剂污染菇菌在加工前和加工过程中，常采用焦亚硫酸钠、稀盐酸、矮壮素、比久及调味剂、着色剂、赋香剂等化学药物作护色、保鲜及防腐剂。尽管这些药物用量很小，菇菌在加工过程的其他工序经过反复清洗，且食用时也要充分漂洗，但毕竟难以彻底清除毒素，多少总会残留某些毒物，对人体造成潜在的毒性威胁。
（3）操作人员污染采收鲜菇和处理鲜菇原料的人员，手足不清净；或本身患有乙肝或肺结核等传染病，或随地吐痰等，都会直接污染原料和产品。
（4）操作技术不当导致污染菇菌产品加工工序较多，稍一放松某道工序，就可能导致污染。如盐渍品盐的浓度过低；罐制品杀菌压力不够，时间不足；排气不充分，密封不严等，均能让有害细菌残存于制品中，进而导致产品败坏。
尽管菌类制品的细菌污染多非致病菌。但也会污染致病菌，以致产生毒素危害人体健康。
4.贮藏、运输、销售等流通环节中的污染
我国目前菇菌的出口产品为干制、盐渍、冷藏、速冻等初加工产品，不论如何消毒灭菌，多数制品均属商业性灭菌，因此产品本身仍然带菌，只要条件合适，所带细菌就能大量繁殖，使产品难以保存。当温度条件发生变化、冷藏设备失调、干制品受潮、盐渍品盐度降低等时，都会导致产品败坏，以致被污染。
在产品外销的运输途中，如运输工具不洁，或在销售过程中贮藏不当或包装破损，也会造成污染。
（二）防止菇菌生产及产品被污染的措施
1.严格挑选和处理好培养料
① 一定要选用新鲜、干燥、无霉变的原料作培养料。
② 尽量避免使用施过剧毒农药的农作物下脚料如稻草、棉壳等作培养料。
③ 最好不要使用单一成分的培养料，多采用较少污染的多成分混合料。
④ 各种原料使用前都要在阳光下进行暴晒，以借阳光中的紫外线杀灭原料中携带的部分病菌和虫卵。
⑤ 大力开发和使用污染较少的“菌草”如芒萁、类芦、斑茅、芦苇、五节芒等作培养料。
2.防治菇菌病虫害时，严格控制使用高毒农药
菇菌在栽培过程中，要防病治虫时，施用的药物一定要严格选用高效低毒的农药，在出菇时绝对不要施任何药物。杀虫剂可选用乐果、敌百虫、杀灭菌酯和生物性杀虫剂青白菌、白僵菌及植物性杀虫剂除虫菊等。还可选用驱避剂樟脑丸和避虫油及诱杀剂糖醋液等。熏蒸剂可用磷化铝取代甲醛。杀菌剂选用代森铵、稻瘟净、抗生素、井冈山霉素及植物杀菌素大蒜素等。这些药物对病虫均有较好的防治作用，而对环境和菇菌几乎无污染。
3.产品加工时进行护色、保鲜、防腐处理尽量选用无毒的化学药剂
我国已开发和采用抗坏血酸（即维生素C）和维生素E及氯化钠（即食盐）等进行护色处理，并收到理想效果，其制品色淡味鲜，对人体有益无害。有条件的最好采用辐射保鲜，可杀灭菌体内外微生物和昆虫及酶活力，不留下任何有害残留物。
为确保安全，现将有关保鲜防腐剂的限定用量列于表1。
表1几种菇菌产品保鲜防腐剂限定用量
4.产品加工要严格选料和严守操作规程
① 采用鲜菇作原料的食品，原料必须绝对新鲜，并要严格剔除病虫危害和腐烂变质的菇体；采收前10天左右，不得施用农药等化学药物，以防残毒危害人体。
② 操作人员必须身体健康，凡有乙肝、肺炎、支气管炎、皮炎等病患者，一律不得从事菇菌等产品加工操作。
③ 要做到快采、快装、快运、快加工，严格防止松懈拖拉现象发生，以免导致鲜菇败变。
④ 在加工过程中，对消毒、灭菌、排气密封、加汤调味等工序，要严格按清洁、卫生、定量、定温、定时等规定照办，切不可偷工减料，以免消毒灭菌不彻底或排气密封不严等而导致产品被污染和变质。
5.产品的贮存、运输及销售中，要严防污染变质
① 加工的产品，不论是干品还是盐渍品及罐制品，均要密封包装，防止受潮或漏气而引导起腐烂。
② 贮存处要清洁卫生、干燥通风，并不得与农药、化肥等化学物质和易散发异味、臭气的物品混放，以防污染产品。
③ 在运输过程中，如路程较远、温度较高时，一定要用冷藏车（船）装运；有条件的可采用空运。车船运时，要定时添加一定量的冰块等降温物质，防止在运输过程中因高温而引起腐败变质。
④ 出售时，产品要置于干燥、干净、空气流通的货架（柜）上，防止在货架期污染变质。要严格按保质期销售，超过保质期的产品不得继续销售，以免损害消费者健康。
